Marieke van der Horst studeerde aan het Rotterdams Conservatorium fluit bij Ruud Maas en ensembleleiding bij Bernard van Beurden. In 1984 rondde zij deze studie af met het behalen van het diploma UM. Sinds 1981 is Marieke verbonden aan de gemeentelijke Muziekschool Katwijk, waar zij ook fluitensembles leidt. Ook het wereldmuziek-ensemble stond tot de opheffing onder haar leiding. Daarnaast verzorgt zij muziekprojecten op basisscholen in Katwijk. In 2016 voltooide zij een masterstudie kunsteducatie aan de Fontys Hogeschool Tilburg.
Marieke maakt deel uit van het Holland Symfonie Orkest (voorheen RBO Sinfonia), waarin zij fluit en piccolo speelt. In het Nederlands Fluit Orkest speelde zij enkele jaren contrabasfluit. Als lid van het fluitensemble Tegenwind heeft zij zich gedurende een lange periode bezig gehouden met eigentijdse muziek, improvisatie en kindertheater.
In 2017 trad Marieke toe tot het NFG-bestuur, een jaar later werd zij voorzitter.